第41集
杨过和小龙女二人离开古墓后，藏身于一木屋之中，后丐帮马彭二长老路经借宿，原来彭长老为想成为南派丐帮帮主，竟与蒙古军秘密计划侵宋活动，马长老籍此威胁彭长老传授摄魂大法，彭长老不答应，马长老遂起杀机，被杨过识破。其后一灯大师和裘千韧纷至，裘千韧忽然狂性大发，彭长老乘机以摄魂大法假借裘千韧铁掌功杀马长老，裘千韧清醒后觉惭愧。杨过绝望之余希望一灯大师治疗小龙女，可惜一灯大师重伤未愈，遂以一药丸暂保小龙女性命，指出惟有天竺神僧才有救命之法，于是一起前往绝情谷救天竺神僧。
第42集
周伯通携全真教经书南奔，途中见郭芙被李莫愁所制，于是假扮女妆解去郭芙穴道，其后还令全真弟子五年之内光复全真教。郭芙被李莫愁追杀之际，突为公孙止擒拿为妻，郭芙施美人计灌醉公孙止，终得周伯通之助脱离险境。另一方面，郭芙因任性而受耶律齐谴责，大为内疚，二人感情渐渐突进。李莫愁追杀周伯通时，被傻姑困于陷阱之中，程英为报师父黄药师被辱之仇，以玉箭剑法攻打李莫愁，不敌。李莫愁反以银针杀傻姑。李莫愁在绝情谷中围攻程英，在混乱之中，杨过飞身入情花丛中救程英，李莫愁中情花毒身受重伤。
第43集
一灯大师替杨过向裘千尺解释，裘千尺拒绝交出另半粒绝情丹，并乘机刺杀黄蓉，被黄蓉施计劝服。裘千尺为报杀兄之仇，欲以毒枣伤郭芙，被杨过所救，郭芙知道自己一直误会杨过，大为惭愧，当众向杨过认错。杨过到绝情谷密室救出渔隐大叔和天竺神僧后，发现天竺神僧为寻解情花毒之方，不惜以身试毒处于昏迷之境。李莫愁施展美人计迫使公孙止交出绝情丹，公孙止试图陷公孙绿萼于情花丛，迫使裘千尺交出解药。公孙绿萼得知后万念俱灰，决定成全小龙女和杨过二人，杨过和小龙女感动不已。
第44集
公孙止误杀亲女后，老羞成怒，讹称裘千尺勾结外敌剿灭绝情谷，用鱼网刀阵围攻黄蓉与裘千尺等人。李莫愁乘机逃走后，以冰破银针杀害天竺神医，众人非常愤怒，合力对抗李莫愁与公孙止，李莫愁终以情花毒发作而死，裘千尺与公孙止亦在搏斗中双双坠下深渊而死。杨过得到半粒绝情丹后，毅然扔下深崖，使众人大为惊愕。黄蓉了解到天竺神僧临终前手执断肠草，于是领悟到此为情花解药，于是摘下交给小龙女。小龙女在矛盾的心情下觉得与杨过一起会使他加重负担，于是悄然离开众人。杨过四处找寻小龙女的踪迹，绝望之余在悬崖上见小龙女刻下十六年后重见的字样。
第45集
十五年后，一天郭芙与郭襄、郭破虏三人在客栈听到神雕大侠仗义事迹，郭襄为之神往，遂不理郭芙劝阻，跟着大头鬼到西山一睹神雕大侠的风采。神雕大侠得知史氏幼弟被霍都所伤，遂答应与郭襄亲到黑龙潭找九尾狐以供疗伤，被瑛姑以寒阴箭所拒，后一灯大师向瑛姑请罪，瑛姑要周伯通为交换九尾狐的条件。杨过惟有以传受黯然销魂掌要求周伯通见瑛姑一面。周伯通与瑛姑见面后悲喜交集，周伯通顿感尴尬非常。另一方面，郭襄对神雕大侠渐生好感，要求神雕大侠揭开面具以真面目示人。
第46集
郭襄见到杨过真面目后，对他产生爱意，要杨过为她庆祝生日。郭襄回到襄阳城后，郭芙向父母告知一切，使郭襄受到责备，郭襄向鲁有脚倾诉，二人甚为投契。后鲁有脚突被暗杀，众人疑为霍都所为。杨过无意间在铁枪庙中得知亡父杨康生平，决议为民请命，以为杨康赎罪。杨过与郭襄分手后，与大头鬼结伴至嘉陵，旧地重游，无限感慨。另一方面，预计与小龙女重聚之日渐近，兴奋莫名。并计划与小龙女在农村隐居。
第47集
正当郭靖、黄蓉召开英雄大会时，郭襄竟在房中召开小英雄会。黄蓉无意间听到杨过将为郭襄贺岁消息，恐杨过心存报复之心，大为不安，决定提早推选新任丐帮帮主，以防杨过乘机捣乱。郭襄生辰之日，杨过以二千蒙古军尸体左耳及火烧二十万大军粮草为礼物，顿使黄蓉疑念全消。霍都在丐帮大会中乔装丐帮弟子，打败耶律齐拟夺丐帮之位，被达尔巴识破。霍都突袭郭芙，被杨过与黄药师制服。黄蓉向郭襄交代杨过身世，郭襄恐杨过知道小龙女非为南海神尼所救，生自尽之念，于是出走相劝杨过，却于途中被金轮法王所擒。
第48集
黄蓉担心郭襄下落，四处找寻爱女踪迹，不果，失望之余遇周伯通，无意中发现玉蜂上均有“我在绝情谷”字样，联想到是小龙女所刻，于是决定到绝情谷找寻小龙女。金轮法王欲收郭襄为徒，郭襄定要金轮法王打赢杨过方答应，金轮法王于是答应前往应战杨过。黄药师与杨过交谈时，说出根本无南海神尼其人，杨过失望之余与黄药师分手后借酒消愁，后得神雕劝服，信心大增，决意到绝情谷找寻小龙女芳踪。杨过到绝情谷后苦候小龙女不果，万念俱灰，遂向悬崖跳下，郭襄赶至，亦随之跳下。
第49集
郭襄与杨过在崖底相遇后，力劝杨过不要自尽，杨过大为感动，令神雕背负郭襄上崖。郭襄上崖后发现金轮法王已被黄蓉制服，众人于是设防下崖抢救杨过，金轮法王骗得郭襄为其解开穴位，更强行带走郭襄。黄蓉等找郭襄不果，得闻襄阳城危急，决定返城助郭靖抗蒙古大军。杨过在崖底发现玉蜂巢，于是决定潜入潭底秘道中，终在幽谷中重遇小龙女，二人相见仿如隔世，尽诉离别之情。神雕伤心之余也跳下崖底，后得杨过所救，杨过得知郭襄身处险境，决意上崖救郭襄。
第50集
金轮法王挟持郭襄迫令郭靖投降，黄药师等均无法杀入蒙古军重围救出郭襄，郭靖决意弃郭襄全力保护襄阳城。后杨过及时赶至与小龙女合力杀金轮法王，郭襄得与家人重聚。
耶律齐死守襄阳城门，被蒙古大军围攻，后得杨过解救，合力赶走蒙古大军，襄阳城暂得安守太平。众人上华山拜祭洪七公与欧阳锋，均感到华山五绝所存无几，感慨万分，黄蓉拟选出新五绝为东邪、西狂、南僧、北侠、中顽童。杨过与小龙女决意退出江湖隐居，众人均感依依不舍，郭襄目睹二人离去，万千感慨，眼泪夺眶而出。
