Elizabeth(liz)同志与will turner同志大喜之日，东印度公司的Culter Beckett先生拿着逮捕证跑来说：“你们当年把Jack那厮放走了，我现在要以月亮的名义惩罚你们”，然后转头低声跟will说，要不你把Jack的小破罗盘给我弄来咱们这事就算过去了。于是可怜的will只好挥泪别了liz，找jack去也。
与此同时，Will当年死掉的老爸Bootstrap Bill跑来跟Jack说，你欠我老板Davy Jones的债该还了，共欠你自己灵魂一条，欠债还钱天经地义。并给了他一个black spot,（这个黑色
圆纸片是当年的小说《treasure island》里面的设定，带上它的海盗代表被判有罪并将被绞死）。说到这个Davy Jones，那可是鼎鼎大名的人物：海洋的统治者、史上最有名幽灵船“Flying Dutchman”的船长，惟一的缺陷就是因为爱（？）被挖了心埋在一个岛上，自己还上不去那个岛。并且Davy由于整日住在海底，慢慢也就近海者如海鲜了。话说回来，Davy Jones派了他的大海怪Kraken去追Jack，Jack同志就只好逃啊逃啊逃到了一个小岛上。
Jack要么还债，要么就得给Davy干一百年苦工。Jack就想啊想啊想办法，与此同时，外界也是乱成一团：will在找jack的罗盘，liz想帮will，Bootstrap也想帮他儿子，liz前未婚夫
兼前指挥官Norrington同志想要东山再起，liz老爸只想自己的宝贝女儿能快乐，而黑珍珠的船员正在忙着叛变－－因为缺钱。
will终于听说黑珍珠被遗弃在一个岛上，赶去哪里发现Jack被当地的食人族奉为神明。在will被食人族拖下去关之前，Jack偷偷跟他说：“救人啊~~~~~~”跟will关在一起的黑珍珠船员告诉他，那是因为食人族很快就要把他们的神“从肉体的桎梏中解放出来”（听起来不太妙对吧……）。
兵荒马乱鬼哭神嚎鸡飞狗跳一番之后，他们统统逃了出来。然后在黑珍珠上开始讨价还价，Jack说要是will能从Davy船长那里把那个能开装他自己心脏箱子的钥匙搞来，他就把罗盘给他。他们一起去找一个巫毒教（Vodou/Voodoo）的巫女Tia Dalma ,七年前就是她把那个能
指示一个人内心最深的渴望的罗盘给了Jack。
他们拿I里面那个倒霉的黑珍珠原船长Barbossa的不死猴子跟巫女Tia交换关于Davy的信息，知道了他是为爱献的心，Tia最后给了Jack一罐子埋Davy心的那岛上的土，因为Davy不能踏上那岛，因此这泥土就可以在关键时刻用来保护jack。于是他们又出发去找幽灵船“Flying Dutchman”了。
发现一个残骸，will跑上去找钥匙，结果那是陷阱。倒霉孩子will立刻就被Davy抓住了，Jack透过望远镜正看着呢，下一秒就发现Davy到了自己面前。Jack想起Davy为爱挖心的事情，就赶紧跟Davy动之以情说will就要结婚了，“犹是春闺梦里人”啊。趁着Davy略有所动，Jack又跟他许诺三天内拿100条灵魂来换Jack自己的灵魂。于是Davy把will编进自己的海鲜船员组，把Jack放走了－－缓期执行。
Jack跑去Tortuga岛，在那里遇到了在老爸帮助下逃出来的liz和liz前未婚夫兼前指挥官Norrington同志。Jack说服liz一起去找Davy的心，他们用Jack的罗盘开始找。
与此同时在幽灵船上，will和他老爸Bootstrap想用赌色子的方法把钥匙赢过来，失败。不过最后will还是偷到钥匙和一帮人划船逃走。Davy发现并意识到Jack目标是他的心脏，怒，把海怪Kraken同学又召唤出来，把will的船打碎了，船上的人除了will都死了。然后Davy又赶紧朝埋心岛赶去。
大家基本上同时到达，Jack、liz和Norrington用罗盘挖到了箱子。这时候will也来了，以下省略狗血场面若干，接着jack will Norrington 三人都想要那个箱子，分赃不均且谈判破裂，开打。打得热火朝天以至于没发现另两个海盗Ragetti和Pintel把箱子搬走了，liz去追箱子，Davy的手下也追来了。继续打。
Jack横插一杠把箱子搬走了，然后把里面的心拿出来放在那一罐土里面。Jack带着箱子和罐子回到大船上。Norrington同志无畏地宣称他要带着空箱子引开敌人的火力让他们可以顺利脱逃，其实他不止带走了箱子，还趁Jack不注意把罐子里的心也拿走了。Norrington果然被Davy手下堵住，他立刻丟了空箱子逃走了。
Jack他们与大海怪Kraken同学狭路相逢终不能幸免，颠簸中罐子摔碎了，Jack才发现心已经不见，暴跳如雷。不过当务之急是应付海怪，打着打着liz发现Jack本性难移，又丢下他们自己偷偷划船逃走了。
Jack的良心偶然闪现，于是挣扎一番头一昏又回去救人。他暂时逼退海怪，下令所有人弃船逃生。liz发觉海怪是冲着jack来的，于是吻了Jack，同时趁他不备把Jack铐在桅杆上（最毒那啥那啥啊）。Will同学刚好目击了他们接吻的一幕，内心受到极大冲击（这剧情可真够狗血的……）。最终liz泪别了jack，跟救生艇上其他人说jack誓与黑珍珠共存亡。然后他们就划啊划的划走了。
另一边，Jack挣脱出来，看着卷土重来的大海怪说：“Hello, beastie”（你好，小东西）。那个小东西就把黑珍珠号打烂并拖回它的海底洞穴了。Davy看着这一幕，洋洋得意地宣布Jack总算偿清了他的债，又觉得不对，跑去开箱子发现是空的，只得仰天长啸：“Jack你个死人~~~~”(Jack画外音：我比窦娥还冤啊。。。)
话说再另一边，Norrington同志把Davy的心交给了Beckett同志（大家还记得他吧）。
黑珍珠号的幸存者又跑去找巫女Tia，tia说他们还是可以把Jack弄回来。不过这将需要去到世界的尽头，并且需要一个能得心应手地驾船的坚强的船长。于是咬着青苹果的Barbossa船长狞笑着带着他的猴子走了出来。
与此同时，食人族也选出了新的首领。
