二十世纪六十年代的中国，政治运动进一步风起云涌，血统论的盛行导致了无数人终生的遗憾与悲剧，《井》的女主人公徐丽莎（潘虹饰）便是其中之一。因为“出身”不好（资本家女儿），大学刚毕业的她被分配到一个乡镇药厂刷瓶子，新上任的科长朱世一（李志兴饰）看中了丽莎并坠入爱河，把她从刷瓶车间调到了实验室，而丽莎从中得到了关怀和温暖，很快两人结婚。但她没想到，这将使她的生活和事业踏入漩涡。婚后她发现丈夫的狭隘和封建使她不能忍受。
他们生活在一条南方的小巷里，小巷中央有一口井，没人知道它的年龄，街里街坊每天一边打水一边围在井边议论家长里短，周而复始，这口井似乎成了人们沟通的桥梁，有一天，通知要安自来水，这一安就是二十多年。
丽莎不甘于作传统意义上“合格”的贤妻良母，她无法忍受无聊的生活琐事的羁绊，无法忍受婆婆为了几毛菜钱而喋喋不休，在她内心深处，始终有得到理解和获得自由的期待，她渴望有意义而纯粹的生活，而丈夫却是一个刻板、保守的男人，不好也不坏，平庸无为，给不了他这些。她打掉了孩子，这加剧了婚姻的危机。二十年间，他们的生活平淡地继续。
文革结束，知识分子重新得到重用，到了八十年代，丽莎已经成为知名的医药工程师，她在事业上终有所成就，而她的丈夫从领导岗位跌落下来，成为不再重要的人。此时丽莎在经历了多年的压抑后与同科室的童少山产生了感情，她认为童能够理解她，爱护她，但最后一刻童少山退缩了，他做不到丽莎那样忠于自己的感觉，那样纯粹，他在乎别人的看法，这无疑给了丽莎最后一击，在容忍了长久的压抑和无助之后，失去最后一丝希望的她点燃一支烟，走向了那口井。
丽莎渴望选择生活选择幸福当然没有错，只是那个时代，这被视为离经叛道，有违女人的道德。那些街坊邻居也没有错，他们亦是那个时代的产物，习惯于热心干预别人的选择权，他们善意地“劝合不劝离”，他们不求有高质量的生活而只求平稳活下来，所以他们也无法理解丽莎对于个体幸福的追求。丈夫也没有错，他同样是被时代愚弄的受害者，他在被社会抛弃后又极度恐惧被妻子抛弃，所以当他看到妻子与童少山在工作上逐渐成为知己时恼羞成怒，这种心理是不难理解的（这种心理一定在当时存在于很多人心中，很多在文革中只手通天的人后来都一落千丈，境遇悲惨,如蒯大富、聂元梓、谭厚兰等著名的红卫兵领袖，甚至连党的高层人物如江青等亦是如此，不要说普通人了），正是这种心理落差使他变得多疑，变得极端，变得不择手段，而他越是这样，他们之间的裂痕就越大，最终无法收场。那究竟是谁错了？我姑且只能认为是时代的过错。
时髦的服装店，熙熙攘攘的商客开始遮盖这条小巷以往的寂静，只有那口井依然还在，无论世事如何多变，那口井永远保持沉默。围绕井生活的人们已经盼了二十年的自来水，影片的结尾，又在进行自来水施工的时候工人对老街坊说这次肯定通了，但如果自来水真的通了，那口陈年老井依旧会扎在人们心里。似乎告诉我们，旧的时代还未过去，新的时代还未到来。
