由袁立、郭晓冬联袂主演的《大校的女儿》在央视黄金档播出过半，迅速占领收视高峰，在百度热门电视剧排行上将原本领先的《公主小妹》、《血色湘西》甩到了后面。然而，在该剧热播的同时，很多网友质疑称，相比该剧的全本碟版，一些精彩剧情并没有呈现在电视画面上，造成了观众对剧情的理解障碍。
该剧央视版遭遇到网友“万人追杀”，名为“万人追杀：央视版《大校的女儿》是哪位神仙剪切的”的帖子颇有反响。发帖者对比碟版《大校的女儿》后质疑：“那么多不该剪的剪掉了！造成新的观众对剧情不理解，看不明白！一部看不明白的电视剧会让他们继续看下去吗？”综合网友意见，认为央视版《大校的女儿》的问题包括“声音有回音，配得不好”以及“音乐和画面突然转换，没有过渡”等，而剧情凌乱则被网友视为最大问题：“央视版删剪了很多感人的画面。比如碟版中，姜士安和韩琳站在会议室中，韩琳告诉姜士安她要离开这个军区了，姜士安在握手后走了一段，背对着韩琳哭了，韩琳也站在原地眼含泪珠！这些镜头在央视《大校的女儿》中都被删剪了！另外，删剪最多的是小梅、程百祥和林志怀的戏！”
《大校的女儿》编剧王海鸰说，自己没有一个剧是像《大校的女儿》一样守在电视机前看下来的，因为完全不知道会被剪成什么样：“20集剪成了18集，临播再剪，也没法让演员补拍，能剪成这样已经很不错了。作为央视，豪门有豪门的规矩，我们重视这个平台，自然就要守这个规矩。”王海鸰称，央视之后的二轮上星播出，该剧不会再做出“牺牲”了，会争取全版播出。目前广西卫视已争取到二轮独家首播权。
