没有高潮跌宕的剧情，没有深刻的人生道理，只有如青草般淡淡的清新感。不敢想象中国何时会拍这样的电影，恐怕导演一有这样的想法，就开始幻想被口水淹没的情景。票房、内涵，这样的因素一个也不能少，这是中国电影的潜规则。大家都有压力，在别人对自己严格的同时严格对待他人，不敢呆在原地沉迷在个人的小世界，都一个劲往前窜，无论是否目的明确，都不敢回头望，心里绷紧的弦弄得人疲惫不堪，还有多少人能回忆起年幼时的单纯与快乐。《天然子结构》就像一把锁，开启了尘封已久的回忆。
在一个宁静的小山村，人们的生活简单而祥和。唯一的学校里，只有六个学生。一天，来了一个帅气的转校生，那就是从东京来的大泽，他的出现让女生们兴奋起来。素夜是这里唯一的初二生，大泽恰好也是读初二，所以两人之间有种微妙的暗流在涌动。大泽是随母亲搬到这个小村的，据说他的爸爸与其它女人私奔了，所以性格有些冷淡，不过依然吸引着三个年龄相仿的女生。其实生活并没有什么改变，到海边游泳，送情人节的巧克力，甚至是大泽和素夜单独的毕业旅行，也没有发生什么大事情。直到他们那个生涩的初吻，也没有生出一丝波澜。在片尾，两人一起升入了高中。
很难想象只有六七个人的学校是怎样，所以可能这个故事的背景是虚构出来的。撇开复杂的人际关系，留下以素夜的生活为线索，展示了一个普通少女的生活。没有太大的苦难要承受，也没有惊世骇俗的感情在纠葛，《天然子结构》就像是一个十五岁少女的日记，记录了生活中的一些琐事。美丽善良的素夜，像一个还未懂得哭泣的天使，在这个宁静的山村，度过美好的童年，步入开始不安的青春。在电影中，很花了一些篇幅讲经过树林遇鬼的事情。在初夏蝉鸣的树林里，小孩总对有人跳河的小桥心存敬畏，对鬼的可怕猜想无限扩大，在恐惧中奔跑的素夜摔倒在铁轨上，以为被鬼拉住了脚，惊恐的她被大泽从疾驶的火车前救下来，这是他们第一次的身体接触，他们初次对异性有了别样的感觉。后来素夜买不到喜欢的衣服，就提出想要大泽的外套，代价是让大泽吻她，结果只让大泽牵了一下她的手。
毕竟他们还年幼，青春的激情没有像动物般凶猛袭来，偶尔拉拉小手就很满足。生活还是小溪般平静流动，只到初三毕业旅行开始了。他们一起到了东京，大泽还见了以前的朋友，但素夜一直想着小山村的朋友，没有觉得大城市有多少吸引力。但这对大泽产生了影响，他想回到东京上高中。在跟素夜提起时，说不想留在乡下的学校，因为讨厌不得不剃成平头。最后要离开时，素夜要帮他把歪掉的扣子缝好，她说不知道什么时候还能帮他缝扣子。没想到大泽打消了回东京的念头，可能是温柔善良的素夜让他感到了温暖。当大泽拿到与素夜相同的高中录取通知书后，索要的礼物是素夜的吻，结果素夜吻了大泽三次都不太满意，她想继续时，大泽说“已经够了，总感觉不到爱”。
在长成青涩的苹果之前，青春还是没有盛开的花骨朵...
