《东宫西宫》这部作品吸收了许多王小波及其夫人李银河在同性恋这一方面研究所取得的成果。我们在故事主人公阿兰的讲述中慢慢地了解了他的过去，这是一番满含隐忍与屈辱的讲述：关于他童年时代母亲的奶，中学班上的女同学，他的同性爱人以及每一段他们在一起的经历，还有他写的书。
阿兰小的时候，一直待在一间有白色墙壁和灰色水泥地面的房子里，除了缝纫机的声音，只能听到柜子上一架旧座钟走动的声音。他已经很大了还会被母亲喂奶，那时的他站在地下就能够得到母亲的乳房。这样的情节决不是王小波凭空捏造出来的，这是一个记录在他研究笔记上的真实的事例：有一位调查对象说，他到八岁了还在吃母亲的奶。他清清楚楚地记得，他母亲怎样在摇着缝纫机，他怎样走过去，钻到母亲怀里，她解开衣襟，喂他吃奶，一面继续摇机器，等等。像这样的例子，有半数以上的同性恋者都有讲述。王小波记录下大量的事例，以期证明男同性恋者有恋母情结。可见他对同性恋的成因是非常关心的，在做这个研究时，对成因问题还无定论，大体上有先天与后天两种说法。后天说的代表弗洛伊德对王小波的影响是非常大的，他强调恋母情结对同性恋形成有特别重要的意义，而这样的影响又在王小波的作品中被体现出来。
在中学情窦初开的年纪，阿兰注意到了班上一个被称为“公共汽车”的女生，然而这样的情感却只能被压抑，影片以这样的细节再一次透露阿兰同性恋倾向的产生与青春期被压抑的与异性的交流也是有很大关系的。以至于他常常把自己当作女人，当作“公共汽车”，而这种现实与臆想之间性别身份的差异使得他的每一段同性之爱都充满了屈辱，甚至可被称为虐恋，然而他却从中感觉到的是残酷的快意，并乐于享受这种快意。于是他的这种理想又折射于影片中穿插的那个发生在古代的故事里，修肩丰臀，像龙女一样漂亮的女贼爱上了用铁链锁住她的衙役。故事中，铁链的寒冷、残雪的污损，构成了惨遭奸污的感觉，可阿兰觉得这样的感觉真是好极了，他在讲述这个故事的时候语调从容不迫，声音里包含着一种陶醉之情。
影片的最后，经过一夜的审讯，警察小史竟戏剧化地陷入了对被审讯者的爱恨缠绕的复杂感情之中。女贼与衙役、死囚同刽子手、警察和被拘捕者，影片将同性之爱安排在这样的人物关系中是别有用心的。警察这个身份无疑象征着权力与控制，影片中小史公然表现出他的强势与淫威，对阿兰不仅咒骂不堪，甚至还拳打脚踢。作为同性恋者阿兰，不被理解、受尽歧视与虐待，是中国当代社会边缘人物的一个缩影。阿兰以一种消极抵抗的态度对这样的权力控制做出了反应，他没有按照常规的思路一问一答，而是常常陷入自言自语中，这样反倒使问话者变成了问题的推动者，答话人成了掌控话题的人。《东宫西宫》颠覆了权力、男人、异性恋为中心的传统理念，把长期被歧视、被有意遮盖的同性恋现象“正常化”。
也有一些同性恋者希望被证明同性恋是一种自然现象，觉得这样自己比较无辜。但王小波“不认为，假如同性恋是自然现象，对同性恋本人就有什么光彩之处，文化现象不一定坏，自然现象也不一定好。”虽然王小波很希望证明同性恋是后天的，但在研究中也有些相反的例子：有几位同性恋者在三四十岁之前没有同性恋经历，一经尝试就一发不可收拾。如果不是有先天的倾向，人是不会这样的，所以王小波在他的研究报告中对同性恋的成因取了一种折中的态度。小史在阿兰的叙述中情不自禁地展开了爱欲攻势，恰又是影片对这种先天倾向的表现。
《东宫西宫》由最初命名为《似水柔情》的短篇到最后确名为《东宫西宫》的电影剧本和舞台剧本，它们之间还是有许多变化的。而相比较文本来说，电影在许多地方又有所发挥或删改，而我们似乎能通过这些细节上的比较来一窥影片《东宫西宫》所想要表达的意义。
最明显的改动在于，从短篇到剧本，名字上的变化。所谓“东宫”、“西宫”，在北京同性恋者的语汇中两处著名的同性恋聚会场所——天安门东西两侧劳动人民文化宫和中山公园内的公厕。这似乎是同性恋者社会处境的真实表达，肮脏龌龊的公共厕所是他们寻求感情、寻求性爱的地方。在影片中，也不断出现满是灰尘或流着污水的性爱场景，暗示着同性恋者所处的不为人知的边缘地带，以及其生存环境的恶劣不堪。然而就是在这样一种被边缘化的角落里，同性恋者仍然是不被理解、不受欢迎，被压制、被排斥的。在影片的开头部分，就插入了两个发生在厕所里的片段，一次是阿兰被警察盘问，另一次是阿兰被“红袖章”敲诈非难。这两场戏并不只是在同性恋者遭歧视这一层面上的堆叠、强调，而是刻意安排用以表现社会上压抑同性恋者的两股力量：权力的压制和群众的歧见。
故事中的人物和故事发生或叙述的场景，也由最开始的短篇到文学剧本，进而至电影，越来越简化。在小说《似水柔情》中，开篇便是小史如何在同事们目光的注视下拆开阿兰给他的信，而阿兰被罚蹲的那一段中亦出现了好几个同性恋者并对这些人作了些小小的描写，甚至在小说中小史的妻子也登场了，“公共汽车”后来成了阿兰的老婆。到剧本里这些情节都作了删节或弱化，我们可以看到，《东宫西宫》这部电影中已变为完完全全小史与阿兰两人之间的故事。电影还将剧本中编写较为具体的古代梦幻场景拍摄得比文本更为朦胧，更为诗意，并且恰到好处地运用昆曲的调子让现实与梦幻自然地交融，使整部片子连贯紧凑，具有较强的统一性。影片在日落后开始主要剧情，以第二日清晨的日出落幕，故事在一夜里发生、发展、高潮、结束，这样的安排似乎在刻意地追求古典戏剧的“三一律”，然而又反倒使影片具有了形式另类的先锋色彩。
影片较之于文字，还加入了一个特别有意思的设计：事件发生地——公园内派出所的构造，这个屋子四面都有门窗，人可以绕着该建筑从不同的角度往里窥视，而在小说和剧本里都没有关于此细节的描述。小史一边绕行一边窥视屋内的镜头，不禁让人想到福柯提到的边沁关于全景敞视建筑的设计。边沁是英国的思想家，他针对监狱改革设计出全景敞视建筑，即一个环形建筑，中心是一座瞭望塔楼。瞭望塔有一圈窗户对着环形建筑。在环形建筑里的每一个小囚室，都会被中心瞭望塔里的监督者所监视，而犯人却看不到塔中的人。虽然派出所的这种结构与边沁的全景敞视建筑不同，但本质是相同的，那就是让被囚禁者感到监视的无处不在，权力的不可确知，影片正是用敞式设计的派出所暗喻了权力的控制欲和淫窥性。
《东宫西宫》在许多方面都力图加入新的元素以表现在同性恋现象上的探索并展示其先锋性，但是片中阿兰充满过多表现意味的独白式叙述给人以一种不自然感，而昆曲与戏曲场景的插入、以黑夜作为故事发生的背景，这些种种为影片添上神秘色彩的因素，也在无意识中向观众传递了一种同性恋者的生活是神秘且奇怪的信息，这大概是同性恋群体不想要的。
